Έντονη ρύπανση παρουσιάζει ο Πηνειός ποταμός στο μεγαλύτερο μήκος της θεσσαλικής πεδιάδας, σύμφωνα με τις τελευταίες μετρήσεις. Τις μετρήσεις έκαναν ειδικά εργαστήρια με τη φροντίδα φορέων της Λάρισας.

Τα προβλήματα που προκύπτουν από τις αγροτικές χρήσεις εντοπίζονται κυρίως στη νιτρορύπανση και στη ρύπανση από φωσφορικά λιπάσματα λόγω της αλόγιστης χρήσης τους.
Υπολογίζεται ότι η ρύπανση από νιτρικά στον Πηνειό είναι έως και 22 φορές πάνω από τα ευρωπαϊκά όρια και η ρύπανση από φωσφορικά είναι έως και 18 φορές πάνω από τα φυσιολογικά επίπεδα.

Σημαντική πηγή μόλυνσης των νερών του Πηνειού και της ευρύτερης περιοχής αποτελούν και οι χιλιάδες απορροφητικοί βόθροι που είναι διάσπαρτοι σε μικρούς οικισμούς και χωριά. Οι βόθροι αυτοί έχουν ανοίγματα για να φεύγουν τα λύματα και από τα ανοίγματα αυτά διαρρέουν τα νερά και μεταφέρουν παθογόνους μικροοργανισμούς και ρύπους στον υπόγειο υδροφόρο ορίζοντα.

Το πρόβλημα της ρύπανσης του Πηνειού από βιομηχανικές χρήσεις εντοπίζεται εν μέρει στην περιοχή των Τρικάλων και κυρίως στην περιοχή της Λάρισας (Ελασσόνα) όπου υπάρχουν και οι περισσότερες βιομηχανίες όπως τυροκομεία, σφαγεία και βιομηχανίες επεξεργασίας ελαίων και τομάτας. Η ρύπανση είναι ιδιαίτερα έντονη τους καλοκαιρινούς μήνες, όπου η παροχή του Πηνειού και των παραποτάμων του μειώνεται λόγω έλλειψης βροχοπτώσεων και αυξημένης ζήτησης νερού για άρδευση. Το πρόβλημα εντείνεται κι από το γεγονός ότι το καλοκαίρι λειτουργούν πολλές εποχικές βιομηχανίες οι οποίες απορρίπτουν τα απόβλητά τους στον Πηνειό. Βέβαια, οι βιομηχανίες λειτουργούν κατόπιν άδειας λειτουργίας και έγκρισης περιβαλλοντικών όρων. Ωστόσο, δεν υπάρχει ένας αποτελεσματικός και μόνιμος μηχανισμός ελέγχου συμμόρφωσης των βιομηχανιών με τους εγκεκριμένους περιβαλλοντικούς όρους και της ποιότητας των εκροών τους.

ΣΚΑΙ